Die Zwergfledermaus lebt bevorzugt in engen Spalten wie z.B. Mauerritzen, Rolladenkästen, Wand- und Deckenverkleidungen oder sitzen hinter Verschalungen und Fensterläden. Im Spätsommer und Herbst fliegen einzelne Tiere oder kleine Gruppen häufig in Wohnungen ein. Grund für diese so genannten "Invasionen" ist vermutlich die Suche junger Tiere nach geeigneten Quartieren.